黏液囊肿应与肿瘤、结核、梅毒等相鉴别，影像学检查（CT、MRI）、手术探查和活体组织检查可鉴别。内眦部的皮样囊肿和皮脂腺囊肿一般较表浅，且泪道通畅。筛窦或额窦囊肿位置多在内眦韧带上方，X线、CT、MRI和鼻部检查可明确诊断。